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银行短信扣费一般在银行卡余额里面扣费。银行短信服务费是银行为客户提供一项余额变动提醒服务而收取的服务费用，通常按月收取。以下是常见的扣费方式。
1、在办理银行卡的时候直接勾选短信提醒服务协议，银行会直接绑定用户的银行卡进行扣款，这种扣费方式一般会在绑定的银行卡余额变动时发送短信通知。
2、用户通过手机银行或网上银行自行开通短信提醒服务时，银行会要求用户设置缴费账户进行扣款，银行短信扣费通常是在绑定的银行卡余额中进行扣除。
具体的扣费方式和扣款账户可能会因银行的不同而有所差异，如有疑问，建议咨询相应银行的客服人员获取准确信息。